Большая часть витражей Шартрского собора – оригинал, который датируется XII веком. Витражи, как и скульптурные группы, предназначались для образовательных целей. Время начала господства готической архитектуры – Высокое средневековье, когда люди не имели достаточного образования, чтобы изучать Библию. Поэтому декор соборов – это не только украшение, и каждая деталь имела смысл: художественным языком, в скульптурах и витражах, выражалась Библия от начала до конца, и каждый человек мог изучить её, что было важно во времена особенно выраженной религиозности.
Витражи Шартрского собора наиболее сильно связаны с Девой Марией (изображена почти на всех композициях в хоре) и сценами из Ветхого (витражи северного трансепта) и Нового завета (витражи южного трансепта).
Колористика в витражном искусстве также имела особенности. Шартрский собор – один из немногих, где сохранились витражи, относящиеся к ранней французской готике. Они выполнены в плотных ярко-красном и глубоко-синим тонах. Фигуры на сюжетах плоские с мягкими градиентами. Стиль, в котором написаны витражи, называется стилем «плоских складок», который был распространён до первой половины XIII века, что является второй важной особенностью после цветовой гаммы, по которой можно определить раннеготическое искусство.